科学家首次实现对新冠病毒RNA直接测序

科学家首次实现对新冠病毒RNA直接测序
澳大利亚墨尔本大学微生物和免疫学系的Lachlan Coin和Sebastian Duchene团队及合作者,供给了新冠病毒的第一个直接RNA序列,具体介绍了该冠状病毒亚基因组长度的mRNA结构,并描绘了从同享数据中提醒的冠状病毒进化遗传学的各个方面。相关论文3月7日发布于预印本服务器bioRxiv(bioRxiv一切论文未经同行评议)。  新冠病毒是一种冠状病毒科阳性单链RNA病毒,与能感染哺乳动物和禽类宿主的乙型冠状病毒相关,例如MERS冠状病毒和SARS冠状病毒。  为了确认新冠病毒亚基因组长度的mRNA的结构,研究人员运用了一种最近树立的根据高度平行纳米孔阵列的直接RNA测序办法。简而言之,从具有高水平新冠病毒的培育材猜中制备出核酸,并在GridION渠道上进行测序。  经过这种办法,新冠病毒样本在40小时的测序中产生了680347个读数,包含了860Mb的序列信息。与培育的新冠病毒别离株的基因组共同,部分读数归于冠状病毒序列(28.9%),包含散布在29893个碱基基因组中的367Mb序列。其间一些长度超越2万个碱基,研究人员还捕获了单个分子上的大部分基因组。  经过数据剖析,研究人员确认了42个具有可猜测的5—甲基胞嘧啶润饰的位点,这些位点在亚基因组长度的mRNA之间出现共同的方位。  在其他阳性单链病毒中,RNA甲基化在感染进程中会发作动态改变,影响宿主—病原体相互作用和病毒仿制。一旦数据集可用于新冠病毒的直接RNA序列,研究人员或许会发现其他的润饰。人们现在对冠状病毒的表观转录组润饰知之甚少。  研究人员以为,经过运用直接的RNA序列数据,有助对新冠病毒分子生物学的深化了解,并或许协助构建病毒亚基因组长度mRNA结构的具体视图。(唐一尘)